タカラバイオ / タカラバイオ ID: J00114

RNA-Seq解析 ID: J00114

サービスについて

特長

  • SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit使用で微量検体の遺伝子発現解析も可能
  • SMART-Seq Stranded Kitで、FFPE由来など分解が進んだRNAの解析に対応
  • スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出にも対応

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等のサンプルを提供いただき、RNAの品質や納期のご要望に応じて最適な方法でライブラリー作製を行います。作製したライブラリーはNovaSeq(イルミナ社)を用いてシーケンスし、シーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で発現解析を行います。

[オプションサービス]

  • サンプル調製
    細胞・組織からのRNA調製

    ・rRNA除去作業
     polyAの付与されていないRNAを解析する際に、total RNAよりrRNAを予め除去します。Human/mouse/rat/bacteriaに対応しています。

    ・グロビン除去作業
     ヒト全血由来のRNAより、グロビンmRNAの除去を行います。
  • 情報解析(バイオインフォマティクス)
    ・マッピング(fig.1
     マッピング結果はBAM形式ファイルで納品します。BAM形式ファイルはIGV等でご確認いただけます。
     * 情報解析の内容によっては、ビューワの種類が異なる場合があります。
    クラウドデータマイニング解析(Expression Miner 2.0)
     クラウド上にアップロードしたRNA-Seqの発現解析結果から、比較解析、統計検定を自身で簡単に行えるクラウド解析サービスです。
     比較解析結果から変動遺伝子を抽出、エンリッチメント解析を行うことも可能で、バイオインフォマティクスの知識がなくても簡単に解析できます。

    Fusion Gene解析
     癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、mRNA-Seqの配列データから行います。

    Virome(ウイルス叢)の網羅的解析
     ヒトRNA-Seqデータより、シーケンスデータに含まれるRNAウイルスを検出します。検出されるウイルス種は、ライブラリー作製手法に依存します。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 発現情報、マッピング結果ファイル等

受入サンプル

  • total RNAなど

    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    サンプル量 濃度(目安) 液量(目安) 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA 50ng以上 1.7ng/μL* 30μL以上* 1.6以上
    cDNA 5ng以上 10μL以上
    組織・細胞 別途ご相談ください

    * 短納期プランでは、自動分注機を使用し、プレート単位で作業を実施します。液量調整のため加水処理を実施し作業を行います。
     サンプル量・濃度が基準に満たない場合は事前にご相談ください。
    ・TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit (イルミナ社)での解析を希望の場合は、哺乳類の場合4 μg以上、
     それ以外の生物種の場合8 μg以上のtotal RNAをご提供ください。
    ・cDNAはSMART-Seq mRNA Kit/SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit/SMART-Seq HT Kit/SMART-Seq Single Cell Kitで増幅した産物を送付ください。
     分解の進んだサンプルの場合はSMART-Seq Stranded Kitにて調製したライブラリーをご送付ください。
    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・サンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
    ・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことを予めご確認ください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

  • サンプル送付容器について
    ・RNAサンプルは1.5 mlチューブでご送付ください。
     0.5 mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでの提供はご遠慮ください。
     24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
     * プレートはタカラバイオ社より提供可能(無償)です。ご希望の方はお問い合わせください。

    <推奨プレートおよびシール>
    ・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
    ・タイタースティックHCフィルム(WATSON社, No. 547-KTS-HC)

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

【シーケンス解析】 * 作製済みライブラリー提供シーケンスのみのご依頼を希望の場合はこちら
ライブラリー データ量 価格(税抜) 納期
◎mRNA対象
SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit+
Nextera XT DNA Library Prep Kit
4,000万リード/検体 1~5検体まで:¥270,000/一式
6~48検体:¥45,000/検体
約2週間~
★短納期
◎total RNA対象(non polyA RNAも含む)
SMART-Seq Stranded Kit
* FFPE由来の分解が進んだRNAにも対応
6.6億リード 2検体:¥332,000
4検体:¥404,000
8検体:¥548,000
約6~8週間

* シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
* データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
* 上記試薬以外でのライブラリ―作製をご希望の場合は、別途お問い合わせください。

【既知遺伝子発現解析】
参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。
検体数/データ量 価格(税抜) 参考納期 備考
4,000万リード/検体 1~48検体 無償
(シーケンス解析に付属しています。)
追加納期は発生しません。 対象生物種: ヒト、マウス
* 49検体以上はお問い合わせください。
16検体/6.6億リード ¥140,000 +10営業日 対象生物種:ヒト、マウス以外

* 既知遺伝子発現解析の価格は、解析に使用する参照配列により変動いたします。

●短納期プランについて
 詳細はメーカーサイトにてご確認ください。

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