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タカラバイオ / タカラバイオ ID: J01837

Virome（ウイルス叢）の網羅的解析 ID: J01837

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ヒト検体に含まれるウイルス種の網羅的検出を行います。

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サービスについて

特長

  • DNA / RNAウイルスが混在した核酸からのライブラリー調製
  • ヒト全ゲノムシーケンス（WGS）およびRNA-Seqデータから独自のノウハウで宿主ゲノムの除去・フィルタリングを行うことで、高精度なウイルス種の検出が可能に
  • 宿主ゲノムに挿入されたウイルスの挿入位置を検出
  • 取得済みヒトWGSまたはRNA-Seqデータを用いたウイルス検出も可能

サービス内容

ウイルスが混在した核酸から、目的ウイルス種（ssDNA/dsDNA/ssRNA/dsRNAウイルス）に合わせたライブラリー作製を行い、全ゲノムシーケンス・RNA-Seqを行います。
ヒト全ゲノムシーケンス・RNA-Seqデータから宿主ゲノム（ヒトゲノム）を除去した非宿主シーケンスデータを抽出し、メタゲノムデータベースを用いて生物種分類を行い、ウイルス種カウントリストを作成します。検出されたウイルス種のゲノム参照配列にシーケンスデータを再マッピングし、偽陽性でないことを確認することで解析結果の精度を高めます。同時にウイルスゲノムが宿主ゲノムに挿入されている場合（プロウイルス）、その挿入位置を検出します。
＊事前に解析対象外ウイルス情報をいただければ、解析結果からの除外も可能です。
＊ヒト以外の生物種由来サンプル、環境サンプル等の解析はご相談ください。

（情報解析の流れ）
独自のノウハウにて高精度なウイルス検出を実施します。(fig.1)

fig.1 情報解析の流れ

受入サンプル

  • Total RNA/DNAなど

    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 液量（目安） 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    DNA / RNA 50ng以上 3ng/μL以上 17μL以上 1.6以上
    DNA 50ng以上 3ng/μL以上 17μL以上
    RNA 50ng以上 3ng/μL以上 17μL以上
    その他 核酸抽出からご希望の場合はご相談ください。
    ウイルス濃縮作業はお受けしておりません。

    ＊ 解析目的、目的ウイルス種によってライブラリー作製手法を選択します。ライブラリー作製方法によって必要な核酸量が変わる場合がございます。
    ＊ 上記の核酸量は目安です。上記より少ない量からの解析も可能です。ウイルスが検出されるかは、検体中に含まれるウイルス由来核酸量・割合によります。
    ＊ 宿主（ヒト）由来の核酸が混在した状態を想定しています。ウイルス核酸を濃縮されている場合は事前にご相談ください。
    ・DNA / RNAが混在しているサンプル、RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。

    【サンプル送付容器について】
    ・核酸サンプルは、1.5mLチューブでご提供ください。0.2mL、0.5mL、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
    ＊ 24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

    ＜推奨プレートおよびシール＞
    ・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社、 No. EP-0030128.648)
    ・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）

  • シーケンスデータ
    ヒト全ゲノムシーケンス解析・RNA-Seq解析で得られたシーケンスデータ（fastqファイル）またはマッピングデータ（bamファイル）
    ＊ ライブラリー作製手法に依存して検出されない、されにくいウイルス種もございます。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ（fastq形式）＊ シーケンスからご依頼の場合
  • ウイルスカウント結果、マッピング結果等
    （＊ウイルスやウイルス挿入が検出されなかった場合、下記ファイルは納品物に含まれません。）
    ・ウイルスカウント結果（xlsx形式）
    ・マッピング結果（bam形式）
    ・ウイルス挿入位置リスト（xlsx形式）
（納品物例）
・ウイルスカウント結果（fig.2）

fig.2 納品物例

ご注文に関して

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（ウイルス叢・メタゲノム・細菌叢解析）

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
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  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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