遺伝子予測やBLAST解析などの、一般的な配列解析用の解析サービスも取り揃えています
サービスについて
概要
CLC bio社（QIAGEN社）の認定データ解析サービスプロバイダーとして、次世代シークエンスのデータ解析サービスをご提供しております。変異（SNP、InDel）解析、RNA-Seq遺伝子発現解析、miRNA発現解析、ChIP-Seq解析、De Novoアセンブルなど次世代シークエンス向けのアプリケーション以外にも、遺伝子予測やBLAST解析などの、一般的な配列解析用の解析サービスも取り揃えています。遺伝子変異解析
- NGS Variantデータ解析サービス
リファレンス配列にリード配列をマッピングし、SNPまたはDIP領域を検出します。SNPの存在する配列上の位置・変化した塩基の種類・変異領域をカバーするリード数などをまとめたリストを作成します。また、参照配列が遺伝子領域とアミノ酸配列情報を含んでいる場合、SNPによって変化する領域の遺伝子名とアミノ酸情報もつけることができます。また、Agilent SureSelect Human All Exon Kitを用いたExome解析も対応可能です。
［解析結果］（fig.1）
・検出したSNP/DIPの統計情報をまとめたテーブル
・マッピングデータ（CLC形式）およびレポート
・マッピングされなかったリード配列のリスト - NGS Variant比較データ作成サービス
2サンプルの変異データを比較して、共通に検出された変異、または、一方のサンプルのみで検出された変異のリストを作成します。
［解析結果］
・比較された変異（SNV、small InDel）の統計情報をまとめたテーブル
遺伝子発現解析
- NGS RNA-Seqデータ解析サービス
リファレンス配列に対して、次世代シークエンサーより得られたリード配列をマッピングし、遺伝子・転写物（真核生物のみ対応）毎の発現量をRPKM法で算出したリストを作成いたします。
［解析結果］（fig.2）
・各遺伝子・転写産物（真核生物のみ）の発現量をまとめたテーブル
・マッピングデータ（CLC形式）およびレポート
・マッピングされなかったリード配列のリスト - NGS RNA-Seq比較データ作成サービス
複数サンプルの遺伝子発現データを比較し、サンプル間の発現比（Fold Change）の計算およびスキャッタープロット図の作成を行います。
［解析結果］
各遺伝子において、サンプル間の発現比をまとめたテーブル
グラフ：スキャッタープロット（2サンプル比較の場合のみ） - 融合遺伝子候補検出サービス
融合遺伝子候補検出サービスは、NGS RNA-Seqデータ解析サービスをお申し込み頂いた場合の追加オプションサービスです。Paired-endリード配列データを用いて、ペアの各リードがマッピングされた遺伝子の違いによって、融合遺伝子の候補を推定いたします。
［解析結果］
それぞれが別遺伝子にマッピングされた、ペアリード配列をまとめたリスト - NGS small RNA-Seq データ解析サービス
既知 small RNA配列のリファレンスに対して、次世代シークエンサーより得られたリード配列をマッピングし、small RNAの発現量を算出したリストを作成します。
［解析結果］
・各small RNAの発現量をまとめたテーブル
・マッピングデータ（CLC形式）およびレポート
・マッピングされなかったリード配列のリスト - NGS small RNA-Seq 比較データ作成サービス
複数サンプルの small RNA発現データを比較し、サンプル間の発現比（Fold Change）の計算及びスキャッタープロット図の作成を行います。
［解析結果］
各small RNAにおいて、サンプル間の発現比をまとめたテーブル
グラフ：スキャッタープロット（2サンプル比較の場合のみ）
転写因子結合サイト解析
- NGS ChIP-Seqデータ解析サービス
リファレンス配列に対して、次世代シークエンサーより得られたリード配列をマッピングし、転写因子結合領域のピークを検出します。各ピークのリファレンス配列上の位置・信頼性（P-value)・近傍の遺伝子名をまとめたリストを作成いたします。
［解析結果］
・検出したChIPピークの統計情報をまとめたテーブル
・マッピングデータ（CLC形式）およびレポート
・マッピングされなかったリード配列のリスト
新規ゲノム配列解析
- NGS De Novoアセンブル解析サービス
次世代シークエンサーを用いたゲノムシークエンスやトランスクリプトームシークエンスから得られたリード配列を用いて、De Novo assemblyを行い、コンティグ配列と統計レポートを作成します。
［解析結果］（fig.3）
・各コンティグ配列（FASTA形式）
・コンティグの統計情報をまとめたレポート - 原核生物ゲノム遺伝子予測サービス
専用の原核生物ゲノム遺伝子領域予測用ソフトウェアを用いて、遺伝子情報がまだ明らかになっていない、新規原核生物のゲノム配列から、遺伝子のコード領域を予測します。ゲノム配列が部分的にしか明らかになっておらず、データが複数の配列断片になっている場合も対応可能です。なお、本サービスは、原核生物のシークエンスデータのみに対応しています。
［解析結果］（fig.4）
予測された各遺伝子配列データ - BLASTアノテーション追加サービス（Sequence）
本解析サービスでは、ご指定のシークエンスデータに対して、ターゲットとなる配列データとの、相同性解析（BLAST解析）を行います。解析結果は、ご指定の配列データに、相同性比較を行ったデータの、最も相同性の高い配列データの情報が、アノテーションとして追加されます。新規遺伝子のシークエンシングを行った場合などに有効です。
［解析結果］（fig.6）
・各配列に、最も相同性が高かったターゲット配列データのID、Description、E-valueなどをアノテーションとして加えたリスト
ご注文に関して
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参考価格・納期
| カタログ番号 | サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|---|
| F-NGS-VAR-HMR | NGS Variantデータ解析サービス （Human、Mouse、Ratの場合）（＊1）（＊2） |
￥50,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-VAR-1 | NGS Variantデータ解析サービス （Human、Mouse、Rat以外の場合）（＊2） |
￥70,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-GR-SD | NGS Variantデータ解析サービス （ゲノムサイズ1Gbp以上の全ゲノムリシークエンシングの場合）（＊1）（＊2） |
￥80,000～ | 約20営業日 |
| F-NGS-VAR-DR | NGS Variant比較データ作成サービス | ￥20,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-SD-DR | NGS Variant比較データ作成サービス （ゲノムサイズ1Gbp以上の全ゲノムリシークエンシングの場合） |
￥80,000～ | 約15営業日 |
| F-NGS-RNAS-HMR | NGS RNA-Seqデータ解析サービス （Human、Mouse、Ratの場合）（＊1）（＊2） |
￥50,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-RNAS-1 | NGS RNA-Seqデータ解析サービス （Human、Mouse、Rat以外の場合）（＊2） |
￥70,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-RNAS-DR | NGS RNA-Seq比較データ作成サービス（＊3） | ￥25,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-RSF | 融合遺伝子候補検出サービス（＊4） | ￥10,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-SMR-1 | NGS small RNA-Seq データ解析サービス（＊5） 1サンプル |
￥70,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-SMR-（サンプル数） | NGS small RNA-Seq データ解析サービス（＊5） 2～3サンプル |
￥60,000/サンプル | 約15営業日 |
| F-NGS-SMR-（サンプル数） | NGS small RNA-Seq データ解析サービス（＊5） 4サンプル以上 |
￥50,000/サンプル | 約15営業日 |
| F-NGS-SMR-DR | NGS small RNA-Seq 比較データ作成サービス | ￥25,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-CH-HMR | NGS ChIP-Seqデータ解析サービス （Human、Mouse、Ratの場合）（＊1）（＊2） |
￥50,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-CH-1 | NGS ChIP-Seqデータ解析サービス （Human、Mouse、Rat以外の場合）（＊2） 1サンプル |
￥70,000 | 約15営業日 |
| F-NGS-CH-（サンプル数） | NGS ChIP-Seqデータ解析サービス （Human、Mouse、Rat以外の場合）（＊2） 2～3サンプル |
￥60,000/サンプル | 約15営業日 |
| F-NGS-CH-（サンプル数） | NGS ChIP-Seqデータ解析サービス （Human、Mouse、Rat以外の場合）（＊2） 4サンプル以上 |
￥50,000/サンプル | 約15営業日 |
| F-NGS-DN | NGS De Novoアセンブル解析サービス | ￥80,000～ | 約15営業日 |
| F-M-STA | 原核生物ゲノム遺伝子予測サービス（＊6） | ￥80,000 | 約15営業日 |
| F-BLAST | BLASTアノテーション追加サービス（Sequence） | ￥50,000 | 約15営業日 |
＊1 ヒトゲノムをリファレンス配列とする場合は、GRCh37/hg19のデータを使用します。
＊2 リファレンス配列には、各生物種の最新のゲノム配列データを使用します。
＊3 作成する比較データは、遺伝子毎の発現量データとなります。
＊4 NGS RNA-Seqデータ解析サービスと同時に実施する場合のみお申し込み頂けます。
＊5 リファレンス配列には、miRBaseデータベースの最新データを使用します。
＊6 原核生物ゲノム遺伝子予測サービスでは、検出された遺伝子の配列データは得られますが、遺伝子名などのアノテーション情報は得られません。アノテーション情報が必要な場合は、「BLASTアノテーション追加サービス（Sequence）」も同時にお申し込みください。