概要
Cellecta（CLT）社ではデザイン＆検証済みまたは非検証のカスタムプール型レンチウイルスbar-code化shRNAライブラリーを用いたハイスループットRNAi遺伝子スクリーニングサービスをご提供しています。お客様のニーズに沿ったカスタムスクリーニングサービスを目指しており、カスタムプール型shRNAライブラリー、ライブラリー導入細胞、サブライブラリー、個別のベクター構築、生データ、バイオインフォマティックスを駆使した解析やシグナル経路解析など、さまざまなサービスをご提供しています。最も人気の高いカスタムサービスのひとつに、実験ステップの一部もしくは全てをCellecta（CLT）社にて行うものがあります。Cellecta（CLT）社のカスタムサービスの概要は「
ハイスループットRNAiスクリーニング技術」のページをご参照ください。また、ハイスループットRNAiスクリーニングの一例として、
TGF-βならびに
FAS誘導型HeLa細胞の実験データをご紹介しています。
オプションA （品番： CANA-SQ）
本サービスは、CLT社ライブラリーを使用してスクリーニングを行った細胞から抽出したDNAをご提供いただき、DNA増幅、次世代シークエンシングデータ取得・解析を行い、shRNA配列のリストをご提供するものです。サンプルは、フェノール－クロロホルム耐性の15mLサイズのポリプロピレン遠心用チューブに保管し、黒色または青色のアルコール耐性マーカーで各チューブにサンプル名をご記入いただき、チューブラベルとサンプル詳細とを記載したリストと共にドライアイス便でご発送ください。
受託サービスの流れ
| 1. |
お申込書類記載 |
| 2. |
CLT社へスクリーニング細胞から抽出したゲノムDNA（品番 CANA-SQD）の送付
＊ オプションでゲノムDNA抽出を追加可能 |
| 3. |
CLT社にて実験・解析作業 |
- 各サンプルからゲノムDNA抽出する（オプション）
- 抽出したゲノムDNAのバーコードを増幅後、ハイスループットシークエンシング調製する
- 各サンプルの増幅されたバーコードをシークエンス（>20 x 106リード）
- 各バーコードをshRNA配列と照合させ、解析する
（ア）各shRNA配列の相対存在量の算出（バーコード/shRNA数）
（イ）サンプル間の差異計算（お客様より何れのサンプル間を比較するという情報をいただいた場合に限ります）
- 報告書を作成
|
| 4. |
コスモ・バイオより報告書（電子データ）を納品 |
オプションB（品番：CRGS-X）（fig.1）（fig.2）
本サービスは、CLT社がプール型バーコード化shRNAライブラリーを使用したスクリーニングの全作業を実施するサービスです。必要な作業のみを受託することも可能ですのでお問合せください。
受託サービスの流れ
| 1. |
お申込書類記載 |
| 2. |
実験内容の打合せ |
| 3. |
お客様のご希望の遺伝子リストにてカスタムプール型レンチウイルスshRNAライブラリーをデザインし構築（2～3ヶ月）、デザイン済みshRNAライブラリーを指定 |
| 4. |
必要に応じてお客様独自のRNAiスクリーニング実験に適したレポーター細胞株を構築します。（3～4ヶ月、3.の作業と並行作製） |
| 5. |
お客様のターゲット細胞へプール型shRNAライブラリーをトランスダクション、特異的な表現型や細胞応答性をもとに機能テストを実施（1～2ヶ月） |
| 6. |
スクリーニングデータ解析：CLT社にて下記作業を行います。（1～2ヶ月）
- ゲノムDNA 抽出
- shRNA特異的バーコード配列の増幅
- ハイスループット（次世代）シークエンシングおよび統計解析
- 報告書作成
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| 7. |
コスモ・バイオより報告書（電子データ）を納品 |
本オプションでは、サンプル調製からハイスループット（次世代）シークエンシング、データ統計解析までの一連の作業を、最低7サンプルから承ります（Cellecta（CLT）社推奨：3回繰り返し実験を2セット、コントロール1つ）。
オプションBは、一連のハイスループットRNAiスクリーニングをご提供するサービスですが、プロジェクトの完了には4～8ヶ月程度のお時間を頂きます（オプションにより変動）。また、RNAiスクリーニングの複雑度により価格が異なります。Cellecta（CLT）社における作業が少ない場合やスクリーニング数が多い場合、より低い単価でお承り致します。
Cellecta（CLT）社ではさらに下流の実験サービスもご提供しています。
- シグナル経路解析：同定した各shRNAクローンが関与するシグナル経路を解析
- デジタル遺伝子発現プロファイリングサービス：抽出したRNAサンプルを使用して実施
- ライブラリースクリーニング結果検証サービス：ライブラリーを用いた1次スクリーニング結果に基づいてサブライブラリーを構築し、2次RNAiスクリーニングを実施
- shRNAコンストラクト構築サービス：スクリーニング結果の検証用に各shRNAコンストラクトを構築
