ChIPシーケンシング ID: J00519

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NGSを利用してメカニズムを効果的に解析

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サービスについて

遺伝子の転写過程における後成的な調整メカニズムは、DNAメチル化やヒストン修飾が最もよく知られています。NGSを利用することで、そのメカニズムをより効果的に解析できます。

Methylation / MBD （Methyl-CpG Binding Domain） data analysis（fig.1）
・Standard data analysis
　- Global Methylation Profiles
　- Specific Methylation Profiles
　- Differentially Methylation Regions （DMR）
・Advanced data analysis
　- DMR-Associated Genes
　- Gene Set Analysis
　- Comparative Analysis
ChIP（Chromatin Immuno Precipitation）data analysis（fig.2）
・Standard data analysis
　- Enrichment Peak Profiles and Gene Annotation
　- Differentially Enriched Peaks and Gene Annotation
　- Multiple Alignment and Consensus Motif
・Advanced data analysis
　- Gene Set Analysis
　- Comparative Analysis

　＊ Data Analysis may be varified by the availability of reference and the type of platform.

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サービス項目	ChIP Sequencing
対象生物	リファレンスのある生物のみ
使用機種	HiSeq 2500	NovaSeq 6000
リード数	220～250 M リード	26 Mリード (paired-end なので実質は 13 M リード)
リード長	50bp	150bp
シーケンス方法	Single End 1レーンに4～8サンプル	Paired-End
必要サンプル量	IPしたDNA（精製したDNA断片）の濃度は10ng/μL以上で10μL以上必要です。 sizeは500bp以下で300bp程度が適しています。ご提供いただくサンプルについては、インフォームド・コンセントが取得されており、かつドナーの個人情報が特定できないように匿名化されたものである必要がございます。
データ解析	ピーク解析
価格（税抜）	ライブラリ作製：￥42,000/サンプルシーケンス：￥210,000/1レーンデータ解析：￥45,000	ライブラリ作製：￥42,000/サンプルシーケンス：￥16,000/サンプルデータ解析：￥45,000/サンプル
納期（QC合格後）	シーケンス：6～8週間データ解析：1～2週間
納品物	シーケンシング結果（fastqフォーマットファイル）リファレンスゲノムへのマッピング結果ピークの検出およびアノテーション結果