特長
16S アンプリコンシーケンスと比較してPCR バイアスが無く、増幅領域に制限されないため、種レベルの
分類学的プロファイリングや細菌叢機能の解析において、精度が向上しています。
◆ SSMS と16S アンプリコンシーケンスの選択ガイド
- SSMS がアンプリコンシーケンスより良い場合
1. PCR バイアスが少なく、小さな領域ではなく全ゲノムをシーケンスするので、異なる分類法の違いについて理解を深めたい時
2. 真菌対バクテリア、真核生物対バクテリアなど、同一サンプルで異なる分類法を比較したい時
- アンプリコンシーケンスがSSMS より良い場合
1. 量が少ないサンプルやホストの汚染が多いサンプルで、PCR 増幅有効な時
2. 研究対象がPCR 増幅で発見できる可能性のある不明瞭な分類群の時
◆ SSMSにおけるデータ量の選択ガイド
- 1Gb = 宿主DNA の混入が非常に少なく、微生物の存在量が多いサンプルの場合
例）健康な人/ 動物の正常な糞便由来のサンプル
- 2Gb = 宿主のコンタミ度合い、微生物の存在割合が不明なサンプルの場合
例）ヒトのGI サンプルの場合、口腔内のスワブサンプル、または不健康な人の便由来サンプル
サービス仕様
- シーケンシング：NovaSeq X Plus
- ライブラリ調製方法： イルミナ用 library prep kit によるライブラリー調製
- 納品データ：fastq ファイル形式
- 納品方法：データダウンロード（100Gb未満）
本サービスは、ライブラリー調製+ シーケンス+ データ解析のセットメニューになります。
