特長
- 組織切片上の細胞の形や位置情報を保持したまま、サブセルラー（細胞内）レベルの高解像度空間解析データを取得
- 組織中での細胞の動態や細胞間相互作用の解析に最適
- FFPEブロックを送付いただくだけで情報解析までの全工程をサポート
- Post XeniumとしてHyperionを用いたプロテオームの評価も可能
サービス内容
FFPEブロックから解析用の切片スライドを作製し、padlock probeとrolling circle amplificationケミストリー（＊2）により約5,000のRNAを検出します。出力データは専用の解析プラットフォーム（Xenium Onboard Analysis：10x Genomics社）で解析します。
＊2 5’末端側と3’末端側に標的となる遺伝子の相補配列を、またその間に蛍光物資が結合する配列を持つ南京錠型のプローブ（Padlock probe）を標的mRNA配列にハイブリダイズさせ、その両端をライゲーションすることで環状のプローブを形成させます。環状プローブをRolling circle amplificationによって何度も増幅することで、蛍光物資が結合する配列を多数持つDNA配列を合成し、これを蛍光によって検出します。
＊ スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託します。
＊ FFPEスライドでの受付も可能です。
＊ 対応生物種はヒト・マウスのみ
納品物
・作業報告書
・解析データ
【納品データ例】（
fig.1）
遺伝子発現情報から推定した細胞種ごとに異なる色で塗分けて表示します。
また、検出された遺伝子が細胞中のどの局在で発現していたかをドットで表示します。
【クラウド納品について】
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。
＊クラウド納品ご選択時の注意事項
- シーケンスデータはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
推奨回線速度計測サイトはこちらから
- 回線速度が110Mbpsの場合：500GByteのダウンロードに10時間、50Mbpsの場合：23時間が目安です。
- シーケンスデータサイズの目安は以下となります。
エクソームシーケンスやRNA-Seq
（シーケンスデータ量 5～6Gbase / サンプル） |
約5GByte / サンプル |
全ゲノムシーケンス
（シーケンスデータ量 90Gbase / サンプル） |
約70GByte / サンプル |
- 150GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive（デスクトップ用アプリ）をインストールしてご利用ください。
- ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品（HDD等）への変更をご案内します。
- 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。
受入サンプル
FFPEブロック / スライド
＊ スライドで送付いただく場合は、解析領域の指定方法や指定スライドについてご説明します。まずはご相談ください。
