ホルマリン固定した組織や細胞のｍRNAをプローブを用いて検出し、遺伝子発現解析をシングルセルレベルで実施するアプリケーションです。
| 固定組織や固定細胞、固定核又はFFPE切片のご準備 | Chromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation Kit を使用し組織や細胞、核を固定し、プロトコルに従って凍結、輸送してください。 FFPEブロックの場合は25μm厚又は50μm厚で薄切し、分散後に150万個以上に相当する切片枚数をクール便で輸送してください。 固定後の組織のDV200は50％以上であることが望ましいです。(社内データ) 細胞の場合は凍結細胞をお送りいただいても結構です。(固定費用別途) 参考： 細胞固定プロトコル(10x Genomicsのサイト) 組織固定プロトコル(10x Genomicsのサイト) |
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| 組織分散・セルカウント | 固定組織やFFPE切片をお送りいただいた場合は組織分散を行います。(費用別途) 組織分散後又は固定細胞・核受領後、セルカウンターによる細胞数測定を行います。 |
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| RNA抽出・DV200測定 | 固定細胞・核からRNA抽出を行いDV200を測定します。 | |
| シングルセル単離 | ChromiumXを用いてオイルと水のドロップレットにより細胞を単離します。 | |
| ライブラリー作製 | cDNA合成・PCR増幅 | |
| シーケンス | 細胞あたり1.5万ペアリードで解析します。 それ以上をご希望の場合はご相談ください。 |
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| データ解析 | Cell RangerとLoupe Browser (10x Genomics社製ソフト)を用いた解析を行います。 |
| 凍結細胞 | 固定細胞 | 固定組織 | FFPE切片 |
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| 「細胞固定」追加オプションが必要 | ー | 「組織分散(10x試薬固定)」追加オプションが必要 | 「組織分散(FFPE)」追加オプションが必要 |
| >200万細胞 | >150万細胞 | 分散後に150万個以上に相当する組織量 | 分散後に150万個以上に相当する切片枚数 |
| 融解後生存率 >80% | ー | ー | ー |
| ・細胞直径30μm以下 ・凍結組織を固定する場合は液体窒素中で保存された凍結組織であること ・ヒトまたはマウス由来細胞であること ・ヒト生体試料・臨床検体の場合 情報が匿名化されていること |
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| 受託内容 | 金額(税別) | 納期 |
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| Flex(Fixed RNA Profiling) | 1サンプル：￥880,000 4サンプル：￥1,720,000 ＊他サンプル数の場合、お問い合わせください |
お問い合わせ |
| 細胞固定 | サンプル当たり￥45,000 | お問い合わせ |
| 組織分散(10x試薬固定) | サンプル当たり￥40,000 | お問い合わせ |
| 組織分散(FFPE) | サンプル当たり￥64,000 | お問い合わせ |
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※お問い合わせは完了しておりません。
