概要
Plant GARDENに掲載されている植物ゲノムについて、お⼿持ちのfastqファイルをアップロードするだけで、QC→マッピ
ング→変異検出を極めて低コストに実施可能。サポートはかずさDNA研究所とアンプラットが共同で対応するため、植物ゲノムに特化した質問から、システムに関する質問まで、ほぼ全域で対応可能。受託解析に出すほどではないが、⾃⾝でパイプラインを組みたくない⽅から、植物ゲノム解析の専⾨家と意⾒を交わしながら研究を進めたい⽅におすすめ。
特長
- かずさDNA研究所と株式会社アンプラットが共同で運営する植物ゲノム解析プラットフォーム「GARDEN Cloud」を利⽤した1Runごとの従量課⾦制解析サービス
- 植物ゲノムデータリソース「Plant GARDEN」とリンクした解析が可能
- ブラウザで完全マウス操作による解析実施
- 受託解析のように解析レポートは付きませんが、解析やその解釈等について、チャットサポートが可能。
サービス内容
- データ解析プラットフォームANCATへの無料登録
ユーザー登録は無料です。ユーザー登録時に、懇意にしている代理店を選択可能です。通常はカード払いですが、代理店への請求許可が降りた場合は、代理店を介した⽀払いが可能です。
- GARDEN Cloudへのアクセス
ユーザー登録後、かずさDNA研究所が共同運営するGARDEN Cloudにアクセス可能です。個別規約に同意し、進めてください。
- SNP Workflowを実⾏
植物ゲノム専⽤リシーケンスパイプライン「SNP Workflow」を選択、実⾏します。⼿持ちのfastqをアップロードし、「Plant GARDEN」に掲載されているリファレンスゲノムを対象に、以下の解析が⾏われます。
1.cutadaptによるクオリティコントロール（スキップ可能）オプションでQCのカットオフ値およびトリム対象のアダプターの指定が可能です。
2.bwaによるマッピング
3.gatkによるSNP検出を⾏うワークフロー。Plant GARDENに登録されているゲノムをリファレンスとして変異解析が可能。
＊ Bamファイルが必要な場合はwith Bam オプションをTrueにしてください。
