DIAプロテオーム解析受託サービス ID: J01775

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最大10,000種類のタンパク質を同定・比較定量を行えるシステムを用いたプロテオーム解析

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サービスについて

概要

従来のプロテオーム解析はトランクリプトーム解析と比較すると分析深度が低く、3,000～5,000種類のタンパク質しか観測することができませんでした。これでは様々な分野で着目されることの多いキナーゼや転写因子などの微量タンパク質を観測するには不十分であり、さらなる分析深度の拡大が期待され続けてきました。本サービスの解析を担うかずさDNA研究所では次世代プロテオミクスと称されている分析深度、定量性に優れたDIAプロテオミクス技術を独自に最適化し、さらに最新鋭の質量分析計で測定することにより、哺乳類培養細胞から最大10,000種類のタンパク質を同定・比較定量を行えるシステムを構築しました（観測できるタンパク数はサンプルの種類に依存）。当受託ではこの最新鋭のシステムを用いた世界最高峰のプロテオーム解析を提供いたします。

特長

分析深度
MS1 で検出されたペプチドピークを選択してMS2解析を行うのではなく、MS1 の全m/z レンジを細かく区切りながら連続的にMS2 を取得します。これによって、ピーク強度の低いペプチドを含めてMS1 で観測されたすべてのペプチドピークに対してMS2 を取得できるため、微量タンパク質・ペプチドの検出が可能で分析深度の高い測定が可能です。
定量性
定量解析では実際にペプチドの同定に使われたMS2 ピークを用いて定量値を算出するため、DDAプロテオーム解析のように分子量が類似するペプチドが同じ溶出時間に検出されても区別することが可能であり、ピークの取り間違えが起きづらく、正確な定量値を導き出すことができます。

サービス内容

使用機器
・Orbitrap Exploris 480 [Thermo Fisher Scientific社]
・Q-Exactive HF-X [Thermo Fisher Scientific社]
・Orbitrap Astral [Thermo Fisher Scientific社]
本サービスはタンパク質配列が解析されている生物種を対象としたものです。

測定メニューごとの分析深度

測定メニュー	観測できるタンパク質の数（目安）	用途
かずさDIA スタンダード	～8,000	比較的発現量のあるタンパク質を対象としたプロテオーム解析（細胞に含まれるタンパク質の2/3程度が検出される）＊「かずさDIA スタンダード」でもプロテオミクスの専門誌に投稿しても問題ない分析レベルを誇る
かずさDIA アップグレード・ゴールド	～9,000	比較的発現量のあるタンパク質をよりゆとりをもって検出可能（「かずさDIA スタンダード」でギリギリ検出されるようなタンパク質の定量性も改善）
かずさDIA アップグレード・プラチナ	～10,000	細胞から最大で10,000タンパク質が観測できる世界トップクラスのプロテオーム解析（大部分のキナーゼや転写因子が検出可能）
かずさDIA ウルトラ	～11,000	これまで解析対象とならなかった超低発現な受容体や転写因子まで検出可能とする世界最高の分析深度を誇るプロテオーム解析
かずさDIA ウルトラスクリーニング	～10,000	化合物スクリーニングや臨床検体など多検体サンプルを対象したプロテオーム解析＊288検体以上のみ対応可能

高深度DIAプロテオーム解析を実施する意義
（fig.1）はかずさDIAウルトラプロテオーム解析によって解析されたHEK293細胞中のタンパク質発現量のダイナミックレンジを示しています。本解析ではThermo Fisher Scientific社のOrbitrap Astral質量分析計を用いて1度の計測でHEK293細胞から11,000種類以上のタンパク質を観測することができております。（同定の閾値：Protein FDR < 1%, FDRの確度はentrapment sequence methodで確認済み）。また、低発現なタンパク質として知られるキナーゼ、に転写因子、受容体、イオンチャネルの観測数は分析深度が拡大されるとともに増加し、かずさDIAウルトラプロテオーム解析ではキナーゼが562種類、転写因子が1777種類、受容体が422種類、イオンチャネルが85種類まで観測することに成功してます。
様々な生命現象のマスターレギュレーターが含まれる超低発現領域のタンパク質まで網羅的に解析するには当受託のかずさDIAウルトラプロテオーム解析に大きなアドバンテージがあります。

fig.1 測定メニューごとの分析深度

解析メニュー

＊取得データは目安の数値であり、データ量の保証をするものではありません。培養細胞系における目安であり、サンプル内容により変動がございます。

DIAプロテオーム解析：発現タンパク質の同定と相対定量解析＊ 16サンプル以上はさらにお得になります。価格、納期はお問合せください。
解析メニュー	取得データ目安	使用機器	必要サンプル量	サンプル数	納期	価格/1サンプル（税抜）
かずさDIA スタンダード	～8,000タンパク質	Q-Exactive HF-X	タンパク質：10μg以上目安：細胞 1×10⁵ 以上, 組織 0.1mg以上	1～5	4週間～	¥ 100,000
				6～15	4週間～	¥ 94,000
				16～	お問い合わせ
かずさDIA アップグレード・ゴールド	～9,000タンパク質	Orbitrap Exploris 480		1～5	4週間～	¥ 200,000
				6～15	4週間～	¥ 188,000
				16～	お問い合わせ
かずさDIA アップグレード・プラチナ	～10,000タンパク質	Orbitrap Exploris 480		1～5	4週間～	¥ 300,000
				6～15	4週間～	¥ 282,000
				16～	お問い合わせ
かずさDIA ウルトラ	～11,000タンパク質	Orbitrap Astral		1～5	4週間～	¥ 380,000
				6～15	4週間～	¥ 357,000
				16～	お問い合わせ

● 作業内容　タンパク質抽出（＊）＋トリプシン消化＋質量分析（同定ならびに相対定量解析）
＊サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。

多検体DIAプロテオーム解析
メニュー名	取得データ目安	使用機器	必要サンプル量	サンプル数	納期	価格/1サンプル（税抜）
かずさDIA ウルトラスクリーニング	～10,000タンパク質	Orbitrap Astral	タンパク質：10μg以上目安：細胞 1×10⁵ 以上, 組織 0.1mg以上	288～	お問い合わせ	¥190,000

DIAリン酸化プロテオーム解析（リン酸化タンパク質の同定と相対定量解析）
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
標準DIAリン酸化プロテオーム解析	10,000～20,000リン酸化ペプチド断片	タンパク質：500μg以上目安：細胞 5×10⁶ 以上, 組織 5mg以上	1～5	4週間～	¥ 343,000
			6～15	4週間～	¥ 300,000
			16～	お問い合わせ
高深度DIAリン酸化プロテオーム解析	20,000～30,000リン酸化ペプチド断片		1～5	4週間～	¥ 457,000
			6～15	4週間～	¥ 403,000
			16～	お問い合わせ

● 作業内容　タンパク質抽出（＊）＋トリプシン消化＋リン酸化ペプチド濃縮＋質量分析
＊サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。
●接着細胞回収用推奨プロトコルはこちら　＊浮遊細胞用プロトコルはございません
DIAリン酸化プロテオーム解析（標準・高深度）＋DIAプロテオーム解析（スタンダード・ゴールド・プラチナ）セットでご依頼の場合は総額から10%off

DIAによるゲル中タンパク質の高感度同定解析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
LC-MS/MS（DIA）	―	タンパク質バンドが検出できていれば可能	1～5	4週間～	¥ 48,000
			6～15	4週間～	¥ 46,000
			16〜	お問い合わせ

● 作業内容　ゲル内消化（トリプシン消化）+ 質量分析

DIAによるアフィニティ精製試料中のタンパク同定と相対定量解析（AP-MS）アフィニティ精製: 免疫沈降、プルダウン、ビオチンアフィニティー精製など
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
提出サンプル：ビーズ（推奨プロトコル参照）＊作業工程が少ないことで前処理のバラツキを抑え、低コスト化を実現	ー	2〜3 μgの抗体で免疫沈降したタンパク質（オンビーズ法による推奨プロトコルあり）プロトコルのダウンロード	1～5	4週間	¥ 144,000
			6～15	4週間	¥ 138,000
			16～	お問い合わせ
提出サンプル：溶出物（アフィニティー精製処理した溶出物）			1～5	4週間	¥ 192,000
			6～15	4週間	¥ 184,000
			16～	お問い合わせ
提出サンプル：細胞ペレット(ビオチンラベルタンパク質） (BIo-ID, Trubo-ID細胞サンプル)の精製から対応		タンパク質：100μg以上目安：細胞 1×10⁶以上	1～5	4週間	¥ 201,000
			6～15	4週間	¥ 195,000
			16～	お問い合わせ

● 作業内容　免疫沈降したサンプルの前処理+トリプシン消化＋質量分析

オプション
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
タンパク質濃縮（タンパク濃度100 ng/μL以下は濃縮を推奨）	ー	ー	1	納期に影響せず	￥13,000

●作業内容　サンプルの溶液の種類、液量、濃度により限外ろ過、TCA沈殿、C8カラムを使用

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
ヒト血清 / 血漿高存在量タンパク質14種類除去	ー	血清 / 血漿 10µL以上	1	納期に影響せず	￥32,000
マウス・ラット血清 / 血漿アルブミン・IgG除去		血清 / 血漿 10µL以上	1		￥32,000
ヒト・マウス・ラット以外血清 / 血漿アルブミン除去 & クリーナップ処理		血清 / 血漿 10 µL以上, FBS含有培養上清 300 µL以上	1		￥32,000
LEL濃縮法（特許申請中）* DIAプロテオーム解析（アップグレードプラチナ）で血清から4,000タンパク質、血漿から6,000タンパク質検出		血清 / 血漿 25 µL以上	1		￥40,000

●作業内容　カラムによる除去+クリーナップ処理

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
乾燥ろ紙血（DBS）からの難溶性タンパク質抽出	ー	DBS 直径 1.2 cm程度のディスク1枚分以上	1	納期に影響せず	￥32,000

●作業内容　疎水性タンパク質濃縮、かつ、親水性タンパク質（ヘモグロビン、アルブミン、グロブリンなど）除去

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織からのタンパク質抽出	ー	厚さ:10～20μm、表面: 50mm²以上（ホルマリン固定時間が48時間以下のサンプルのみお引き受け可能）	1	納期に影響せず	￥32,000

●作業内容　ホルマリンによる分子架橋を解き、タンパク質抽出

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
ゲルの切り出し	ー	ー	1	納期に影響せず	￥7,000

解析メニュー		取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
解析アップグレードデータ納品後、同じサンプルを使用して高深度解析を実施	かずさDIA スタンダード→アップグレード・ゴールド	～8,000 → ～9,000（タンパク質）	追加のサンプルは不要です。	1～5	4週間～	￥170,000
				6～10		￥155,000
				11以上		￥144,000
	かずさDIAアップグレード・ゴールド→アップグレード・プラチナ	～9,000 → ～10,000（タンパク質）		1～5		￥217,000
				6～10		￥190,000
				11以上		￥176,000
	標準DIAリン酸化→高深度DIAリン酸化	10,000～20,000 →20,000～30,000（リン酸化ペプチド断片）		1～5		￥217,000
				6～10		￥190,000
				11以上		￥176,000

●作業内容　質量分析
●データ納品後、2週間以内にお申込み、4週間以内に発注を行ってください。

解析メニュー		取得データ目安	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
同一サンプル繰り返し測定	かずさDIA スタンダード	一度測定したサンプルを再度測定するサービスです。追加のサンプルは不要です。	1	納期に影響せず	￥48,000
	かずさDIA アップグレード・ゴールド		1		￥72,000
	かずさDIA アップグレード・プラチナ		1		￥96,000
	標準DIAリン酸化プロテオーム解析		1		￥72,000
	高深度DIAリン酸化プロテオーム解析		1		￥96,000

●作業内容　質量分析
●1測定追加するごとに料金を加算（検体数に応じた割引はありません）

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	データ解析数	カタログ価格(単価)
データ解析(GO解析, Pathway解析, Upstream解析) ＊ 1群n3以上の群間比較解析のみご利用可能です。 ex. 対照群 (n=3) vs 実験群 (n=3)）	ー	ー	+1週間	データ解析数 1～2	￥102,000
			+2週間	3～5	￥94,000
			+3週間	6以上	￥87,000

●作業内容　geneXplain platform

【DDA】4Dプロテオミクス技術によるペプチドーム解析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
timsTOF HTによる解析	ー	タンパク質：500 µg以上目安：細胞 5×10⁶以上, 組織 5 mg以上	1～5	要相談	￥268,000
			6～15		￥260,000
			16～		お問い合わせ

●作業内容　質量分析

【DDA】4Dプロテオミクス技術によるSILAC法による比較定量解析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	サンプル数	納期	カタログ価格(単価)
timsTOF HTによる解析	ー	タンパク質：10 µg以上目安：細胞 2×10⁵以上, 組織 0.2mg以上	1～5	要相談	￥268,000
			6～15		￥260,000
			16～		お問い合わせ

●作業内容　質量分析

納品物

MS測定データ (.rawファイル)、タンパク質同定・相対定量解析データ（解析ソフトウェア　DIA-NN　で出力されるデータ）、観測されたタンパク質名、タンパク質の定量値などを記載したリスト（Excelファイル）をHDD、DVD-RまたはUSBメモリスティックに収納して納品いたします。

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参考価格・納期

サービス項目	価格（税抜）	納期
DIAプロテオーム解析受託サービス	上記参照ください	上記参照ください

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