概要

従来のプロテオーム解析はトランクリプトーム解析などと比較すると分析深度が低く、約3,000種類のタンパク質を同定・比較定量できる程度にとどまっていました。これでは様々な分野で着目されることの多いキナーゼや転写因子などの微量タンパク質を観測するには不十分であり、さらなる分析深度の拡大が期待され続けてきました。本サービスの解析を担うかずさDNA研究所では次世代プロテオミクスと称されている分析深度、定量性に優れたDIAプロテオミクス技術を取り入れ、さらに最新鋭の質量分析計で測定することにより、最大9,500種類のタンパク質を同定・比較定量（HEK293細胞を用いた系で行った場合。観測できるタンパク数はサンプルの種類に依存）を行えるシステムを構築しました。当受託ではこの最新鋭のシステムを用いた高度なプロテオーム解析を提供いたします。

特長

• 分析深度
  MS1 で検出されたペプチドピークを選択してMS2解析を行うのではなく、MS1 の全m/z レンジを細かく区切りながら連続的にMS2 を取得します。これによって、ピーク強度の低いペプチドを含めてMS1 で観測されたすべてのペプチドピークに対してMS2 を取得できるため、微量タンパク質・ペプチドの検出が可能で分析深度の高い測定が可能です。
• 定量性
  定量解析では実際にペプチドの同定に使われたMS2 ピークを用いて定量値を算出するため、DDAプロテオーム解析のように分子量が類似するペプチドが同じ溶出時間に検出されても区別することが可能であり、ピークの取り間違えが起きづらく、正確な定量値を導き出すことができます。

サービス内容

• 使用機器
  ・Orbitrap Exploris 480 [Thermo Fisher Scientific社]
  ・Q-Exactive HF-X [Thermo Fisher Scientific社]
• 本サービスはタンパク質配列が解析されている生物種を対象としたものです。
• 測定メニューごとの分析深度
  

  測定メニュー	観測できるタンパク質の数（目安）	用途
  簡易DIAプロテオーム解析	3,000～5,000（他社受託サービスレベル）	・サンプル精製の確認 ・細胞、組織中の含まれる主要タンパク質を対象にしたプロテオーム解析
  標準DIAプロテオーム解析	5,000～7,500	疾患、薬剤、環境などによるタンパク質変動を詳細に捕えるための、より包括的なタンパク質解析
  高深度DIAプロテオーム解析	7,500～9,500	さらにキナーゼや転写因子など微量タンパク質をも対象とした包括的なタンパク質解析

• 高深度DIAプロテオーム解析を実施する意義
  HEK293細胞を用いて高深度DIA プロテオーム解析で観測されたタンパク質のダイナミックレンジを示す。本解析ではHEK293細胞から約9500種類のタンパク質が観測された（同定の閾値：Protein FDR < 1%, Peptide FDR < 1%）。低発現でタンパク質として知られるキナーゼならびに転写因子は分析深度が拡大されるとともに増大し、高深度DIAプロテオーム解析ではキナーゼが500種類、転写因子が1,300種類まで観測することに成功しており、微量タンパク質を対象とする場合に高深度DIA プロテオーム解析を行うことに大きなアドバンテージがある。（fig.1）

解析メニュー

＊ 取得データ量は目安の数値であり、それらのデータ量を保証するものではありません。

発現タンパク質の同定と相対定量解析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
簡易DIAプロテオーム解析 LC-MS/MS(DIA)	発現タンパク質の同定ならびに 相対定量解析 (3,000～5,000タンパク質)	タンパク質：40μg以上 目安： 細胞 5×105 以上, 組織 10mg以上, 血清/血漿 1μL以上, 尿 200μL以上 ＊脂肪細胞や脳組織など脂質を多く含むサンプルは20mg以上	4週間	1～5	￥156,000
				6～10	￥134,000
				11以上	￥128,000
標準DIAプロテオーム解析 LC-MS/MS(DIA)	発現タンパク質の同定ならびに 相対定量解析(5,000～7,500タンパク質)			1～5	￥257,000
				6～10	￥229,000
				11以上	￥209,000
高深度DIAプロテオーム解析 LC-MS/MS(DIA)	発現タンパク質の同定ならびに 相対定量解析 (7,500～9,500タンパク質）			1～5	￥372,000
				6～10	￥329,000
				11以上	￥303,000

● 作業内容　タンパク質抽出（＊）＋トリプシン消化＋質量分析（同定ならびに相対定量解析）
＊ サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。

リン酸化タンパク質の同定と相対定量解析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
標準DIAリン酸化プロテオーム解析 GPF+LC-MS/MS (DDA、ライブラリ作製用） LC-MS/MS (DIA、相対定量解析用）	6,000～10,000リン酸化ペプチド断片	タンパク質：1mg以上 目安: 細胞 1×107 以上, 組織 50mg以上	4週間	1～5	￥343,000
				6～10	￥300,000
				11以上	￥291,000
高深度DIAリン酸化プロテオーム解析 GPF+LC-MS/MS（DDA、ライブラリ作製用） LC-MS/MS（DIA、相対定量解析用）	10,000～16,000リン酸化ペプチド断片			1～5	￥457,000
				6～10	￥403,000
				11以上	￥379,000

● 作業内容　タンパク質抽出（＊）＋トリプシン消化＋リン酸化ペプチド濃縮＋質量分析
＊ サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。

ゲルバンド中のタンパク質同定
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
ゲルバンド中のタンパク質同定 LC-MS/MS（DDA）	―	タンパク質バンドが検出できていれば可能	4週間	1～5	￥128,000
				6～10	￥120,000
				11以上	￥112,000

● 作業内容　ゲル内消化（トリプシン消化）+ 質量分析

免疫沈降したサンプルのタンパク質同定
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
免疫沈降したサンプルのタンパク質同定 LC-MS/MS（DIA） サンプル：ビーズ（推奨プロトコル参照）	ー	2〜3μgの抗体で免疫沈降したタンパク質 （オンビーズ法による推奨プロトコルあり）	4週間	1～5	￥172,000
				6～10	￥150,000
				11以上	￥135,000
免疫沈降したサンプルのタンパク質同定 LC-MS/MS（DIA） サンプル：溶出物		2〜3 μgの抗体で免疫沈降したタンパク質		1～5	￥196,000
				6～10	￥167,000
				11以上	￥154,000

● 作業内容　免疫沈降したサンプルの前処理+トリプシン消化＋質量分析

オプション
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
クリーナップ処理（タンパク抽出物、体液、培養上清 などの液体状のサンプルの場合は必須）	ー	ー	納期に影響せず	1	￥13,000

●作業内容　サンプルの溶液の種類、液量、濃度により、有機溶媒沈殿法、TCA沈殿法、順相系ビーズを使用

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
ヒト血清/血漿高存在量 タンパク質14種類除去 & クリーナップ処理	ー	血清/血漿 10µL以上	納期に影響せず	1	￥29,000
マウス・ラット血清/血漿 アルブミン・IgG除去 & クリーナップ処理				1	￥29,000
ヒト・マウス・ラット以外血清/血漿 アルブミン除去 & クリーナップ処理 （FBSが含まれる培養上清からのアルブミン除去にも対応）				1	￥29,000

●作業内容　カラムによる除去+クリーナップ処理

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
乾燥ろ紙血（DBS）からの 難溶性タンパク質抽出	ー	DBS 直径 1.2 cm程度のディスク1枚分以上	納期に影響せず	1	￥32,000

●作業内容　疎水性タンパク質濃縮、かつ、親水性タンパク質（ヘモグロビン、アルブミン、グロブリンなど）除去

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
ホルマリン固定パラフィン包埋 （FFPE）組織からのタンパク質抽出	ー	厚さ:10～20μm、 表面: 50mm2以上 （ホルマリン固定時間が48時間以下の サンプルのみお引き受け可能）	納期に影響せず	1	￥32,000

●作業内容　ホルマリンによる分子架橋を解き、タンパク質抽出

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
ゲルの切り出し	ー	ー	納期に影響せず	1	￥7,000

解析メニュー		取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
解析アップグレード データ納品後、同じサンプルを使用して 高深度解析を実施	簡易→標準DIA	3,000～5,000 → 5,000～7,500 （タンパク質）	追加の サンプルは 不要です。	4週間	1～5	￥170,000
					6～10	￥155,000
					11以上	￥144,000
	標準DIA→高深度DIA	5,000～7,500 → 7,500～9,500 （タンパク質）			1～5	￥217,000
					6～10	￥190,000
					11以上	￥176,000
	標準DIAリン酸化→ 高深度DIAリン酸化	6,000～10,000 → 10,000～16,000 （リン酸化ペプチド断片）			1～5	￥217,000
					6～10	￥190,000
					11以上	￥176,000

●作業内容　質量分析
●データ納品後、2週間以内にお申込み、4週間以内に発注を行ってください。

解析メニュー		取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
同一サンプル繰り返し測定	簡易DIAプロテオーム解析	一度測定したサンプルを 再度測定するサービスです。 追加のサンプルは不要です。		納期に影響せず	1	￥48,000
	簡標準DIAプロテオーム解析				1	￥72,000
	高深度DIAプロテオーム解析				1	￥96,000
	標準DIAリン酸化プロテオーム解析				1	￥72,000
	高深度DIAリン酸化プロテオーム解析				1	￥96,000

●作業内容　質量分析
●1測定追加するごとに料金を加算（検体数に応じた割引はありません）

解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
データ解析(GO解析, Pathway解析, Upstream解析)	ー	ー	+1週間	データ解析数 1～2	￥80,000
			+2週間	2～6	￥72,000
			+3週間	7以上	￥64,000

●作業内容　geneXplain platform

ペプチドーム解析
解析メニュー	取得データ目安	必要サンプル量	納期	サンプル数	価格/1サンプル（税抜）
ペプチドーム解析によるペプチド同定　LC-MS/MS(DDA)	ペプチドの同定	要相談	要相談	1～5	￥229,000
				6以上	￥190,000
ペプチドーム解析によるペプチド同定・相対定量解析： LC-MS/MS(DDA, ライブラリ作製用, DIA, 相対定量解析用)	ペプチドの同定ならびに相対定量解析	要相談	要相談	1～5	￥384,000
				6以上	￥336,000

●作業内容　質量分析

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納品物

MS測定データ (.rawファイル)、タンパク質同定・相対定量解析データ（専用のViewerで閲覧可能）、観測されたタンパク質名、タンパク質の定量値などを記載したリスト（Excelファイル）をHDD、DVD-RまたはUSBメモリスティックに収納して納品いたします。