血液を用いて、がん遺伝子パネル解析やデジタルPCRを用いた解析を行います。
| 核酸抽出 | ・血液サンプルから血漿を分離後、核酸（血漿の場合はcfTNA、血液の場合はcfDNA）を抽出し、 品質を確認します。 |
|---|---|
| ▼ | |
| ライブラリー作製 | ・がん遺伝子パネルOncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay（Thermo Fisher Scientific）を用いて シーケンスライブラリーを作製します。 |
| ▼ | |
| シーケンシング | ・次世代シーケンサーIon GeneStudio S5 Prime System（Thermo Fisher Scientific）を用いて、 塩基配列を取得します。 |
| ▼ | データ解析 | ・取得した塩基配列を用いて、遺伝子変異情報を解析します。 |
| ホットスポット遺伝子 （1塩基変異，短い挿入・欠失） |
がん抑制 遺伝子 |
コピー数 変異遺伝子 |
融合遺伝子 | METエキソン 14スキッピング変異 |
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| AKT1 | FGFR3 | MTOR | APC | CCND1 | ALK | MET |
| ALK | FGFR4 | NRAS | FBXW7 | CCND2 | BRAF | |
| AR | FLT3 | NTRK1 | PTEN | CCND3 | ERG | |
| ARAF | GNA11 | NTRK3 | TP53 | CDK4 | ETV1 | |
| BRAF | GNAQ | PDGFRA | CDK6 | FGFR1 | ||
| CHEK2 | GNAS | PIK3CA | EGFR | FGFR2 | ||
| CTNNB1 | HRAS | RAF1 | ERBB2 | FGFR3 | ||
| DDR2 | IDH1 | RET | FGFR1 | MET | ||
| EGFR | IDH2 | ROS1 | FGFR2 | NTRK1 | ||
| ERBB2 | KIT | SF3B1 | FGFR3 | NTRK3 | ||
| ERBB3 | KRAS | SMAD4 | MET | RET | ||
| ESR1 | MAP2K1 | SMO | MYC | ROS1 | ||
| FGFR1 | MAP2K2 | |||||
| FGFR2 | MET | |||||
| サンプルが「血液」の場合、検出可能な遺伝子変異 | cfRNAを用いて検出 | |||||
| サンプルが「血漿」の場合、検出可能な遺伝子変異 | ||||||
| 核酸抽出 | ・血液サンプルから血漿を分離後、核酸（cfDNA）を抽出し、品質を確認します。 |
|---|---|
| ▼ | |
| ddPCR | ・任意の遺伝子変異に対応したプロープを用いて、QX200 Droplet Digital PCR System（Bio-Rad Laboratories） によるddPCRを実施します。 |
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| データ解析 | ・ddPCRの結果を解析して標的となる遺伝子変異の有無を判定します。 |
| 解析項目 | 材料 | 必要量 | 保存容器 | 保存方法 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| Oncomine Pan-Cancerパネル | 血漿（＊） | 5 mL×2本 | 5 mLチューブ | -80℃ | |
| バフィーコート（＊） | 血漿分離時に採取した全量 | 2 mLチューブ | -80℃ | 偽陽性確認用 | |
| cfTNA/DNA | 液量 22.5 µL以上、 濃度 2.0 ng/µL以上 （核酸量 45 ng以上） |
1.5～2 mL 低吸着チューブ （可能であれば） |
-80℃ | ||
| gDNA | 25～50 µL程度 濃度 10.0 ng/µL以上 （核酸量 250 ng以上） |
-80℃ | |||
| TSO500パネル | 全血 | 7.5 mL×4本 | リキッドバイオプシー専用採血管 | 18℃~25℃ | |
| 血漿（＊） | 5 mL×3本 | 5 mLチューブ | -80℃ | ||
| バフィ―コート（＊） | 採取した全量 | 2 mLチューブ | -80℃ | 偽陽性確認用 | |
| デジタルPCR法 | 血漿（＊） | 5 mL×2本 | 5 mLチューブ | -80℃ | |
| バフィーコート（＊） | 血漿分離時に採取した全量 | 2 mLチューブ | -80℃ | 偽陽性確認用 | |
| cfTNA/DNA | 液量 22.5 µL以上、 濃度 2.0 ng/µL以上 （核酸量 45 ng以上） |
1.5～2 mL 低吸着チューブ （可能であれば） |
-80℃ | ||
| gDNA | 25～50 µL程度 濃度 10.0 ng/µL以上 （核酸量 250 ng以上） |
-80℃ |
＊ サンプル採取方法は「解析依頼書」をご確認ください。
| サンプルの保存条件 | 輸送条件 |
|---|---|
| 室温（18℃～25℃） | 通常便 ＊ 専用採血管は立てた状態で梱包し、ワレモノ、天地無用にてご送付ください。 |
| 冷凍（-20℃）、超冷凍（-80℃） | ドライアイス梱包・冷凍便 |
| Oncomine Pan-Cancerパネル | ・解析結果報告書 ・シーケンスデータ（Fastq） ・マッピングデータ（BAMファイル） 納品方法：以下のいずれか ・Ion reporter（Thermo Fisher Scientific）へアップロード ・USBメモリもしくはHDD（別途費用をいただきます） ・クラウド ＊ シーケンスデータおよびマッピングデータはUSBメモリ／HDDもしくはクラウドのみ |
|---|---|
| TSO500パネル | 詳細はお問い合わせください |
| デジタルPCR法 | ・解析結果報告書 ・生データ（.qlpファイル） ・解析データ（CSVファイル） 納品方法：USBメモリ（またはHDD、別途費用をいただきます） |
| サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|
| リキッドバイオプシー | お問い合わせ | お問い合わせ |
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