定量的にTCRやBCRの遺伝子配列を決定し、リンパ球クローンの種類や頻度を解析します。
| 対象生物 | 解析対象 | ヒト | TCR：α鎖、β鎖 BCR：重鎖（IgG、IgM、IgA、IgD、IgE）、軽鎖（IgK、IgL） |
|---|---|
| マウス | TCR：α鎖、β鎖 |
| ①サンプル | RNA 対象生物種：ヒト・マウス 材料：PBMC、組織 |
|---|---|
| ②ライブラリー作製 | ・ライブラリー作製試薬 各転写産物を識別するアダプターの付加 5’RACE法によるTCR/BCR配列の増幅 |
| ③シーケンシング | ・シーケンス機器 MiSeq |
| ④データ解析 | ・専用アプリケーション「ImmunoGrapher®」 お客様自身で必要なデータを簡単に取得していただけます TCR/BCRクローンの遺伝子情報 TCR/BCRクローンの頻度分布 多様度指数 共通クローンの比較 クローン検出頻度の相関 |
| ①TCR/BCRクローンの遺伝子情報 | TCR/BCRの各鎖のV遺伝子情報、J遺伝子情報、CDR3領域のアミノ酸配列、各TCR/BCRクローンの検出頻度 |
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| ②TCR/BCRクローンの頻度分布 |
「①TCR/BCRクローンの遺伝子情報」で得られた各クローンの検出頻度を円グラフで示すことができます。 円グラフを用いることによって、各クローンの偏りを視覚的に確認することができます。
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| ③多様度指数 |
TCR/BCRの各鎖の多様度を逆シンプソン指数で示します。多様度が高い場合、多様度指数は大きくなります。 治療前後や感染の有無で生じるTCR/BCRの多様性変化を検証することができます。 |
| ④サンプル間の共通クローンの比較 |
基準とするサンプルから検出されたクローンについて、その他のサンプルにおける検出頻度を棒グラフもしくはヒートマップで示します。
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| ⑤サンプル間のクローン検出頻度の相関 | 選択した2サンプル間のクローン検出頻度の相関を示します。
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| 材料 | 対象生物種 | 必要量・品質 | 保存容器 | 保存方法 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| RNA | ヒト マウス |
・PBMC由来：300 ng以上 ・組織由来：2 μg以上 ・RIN 6.0以上またはOD（260/280）1.8～2.2 |
1.5～2 mLチューブ | -80℃ | サンプルに含まれるT/B細胞由来のtotal RNA量が少ない場合、ライブラリーを作製できないことがございます。 |
| PBMC | ヒト | 5×106 cellsを1〜2本 | 詳細はこちら | ||
| 組織 | ヒト（＊1） | 3mm角4個もしくは30mg片2個程度 | |||
＊1 マウス組織からの解析をご希望の場合はご相談ください。
| サンプルの保存条件 | 輸送条件 |
|---|---|
| 超冷凍（-80℃） | ドライアイス梱包・冷凍便 |
| 解析結果報告書 | Total RNAの品質確認結果（RNA量、RIN）およびシーケンス出力データ（シーケンシングの総リード数） |
|---|---|
| TCR/BCRシーケンス結果 | 専用アプリケーション「ImmunoGrapher®」へアップロードいたします。 |
納品方法：メール添付および解析用アプリケーション「ImmunoGrapher®」へアップロード
（納品時にログイン用パスワードをご連絡いたします。）
＊「ImmunoGrapher®」へのデータアップロード期間：納品より3ヶ月
| サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|
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