概要
10x GenomicsのChromiumシングルセル遺伝子発現システムを用い、シングルセルの特性解析および遺伝子発現プロファイリングを行います。不均一な細胞集団の特徴を詳細に評価することができます。
（BD Rhapsody
TM シングルセル解析システムを用いた解析も可能ですので、ご相談ください。）
ご依頼内容により、Theragen Bio.（韓国）、またはイムノジェネティクス株式会社にて実施する場合があります。
特長
- シングルセルレベルで細胞の特性を解析し、細胞集団内の不均一性を特定
- トランスクリプトーム解析により、遺伝子発現プロファイリングを網羅的に取得
- 分子バーコード（UMI）を用いたPCR Duplicateや増幅バイアスの除去による、高精度な発現解析
解析内容
10x Genomics Chromiumプラットフォームにより、細胞の単離およびシングルセルライブラリーの作製を行い、Illuminaシーケンサーを用いてシーケンスを行います。取得したリードをゲノム参照配列にマッピング後、細胞バーコードやUMIのカウント数に基づき、細胞のクラスタリングや発現解析を実行します。（
fig.1）
対象
生物種 |
サンプル |
使用試薬 |
解析細胞数 |
シーケンサー |
データ量 |
データ解析 |
ヒト
マウス |
調製済み細胞
1×106cells～ |
Chromium Single
Cell 3ʹ v3
Reagent |
2,000cells |
NovaSeq 6000 |
1細胞あたりの
平均リード数：
20,000リード |
データ解析なし |
| 5,000cells |
データ解析あり |
シーケンスのみのご依頼も承っております。シーケンスのみの場合は、10x Genomics以外で作製したライブラリーも実施可能です。
データ解析（
fig.2）
10x GenomicsのCell rangerパイプラインにより、取得したリードに対してアライメント、細胞カウンティング等の前処理後、Theragen Bio.独自のSeurat R packageパイプラインを用いた解析を行います。Seurat R packageでは、シングルセルの品質管理により低品質の細胞をフィルタリング後（細胞QC）、発現比較解析を行い、発現解析クラスタリングやクラスター間系統樹、発現レベルのヒートマップ等を生成します。
解析データ例：（
fig.3）（
fig.4）（
fig.5）
ご提出いただくサンプル
以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。
Theragen Bio.にてサンプルの品質確認を実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。
| 材料 |
必要量 |
保存容器 |
保存方法 |
| 調製済みの細胞（＊） |
1×106cells以上 |
1.5～2 mLチューブ |
-80℃ |
＊ サンプルの調製方法はこちらをご参照ください。
サンプルのご送付
解析に必要なサンプルを、CPMクリニカルラボまでご送付ください。送付日につきましては事前にご相談ください。
- サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
- 各サンプルチューブ（もしくはプレート）に、解析依頼書別紙「サンプルリスト」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
- サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
| サンプルの保存条件 |
輸送条件 |
| 超冷凍（-80℃） |
ドライアイス梱包・冷凍便 |
納品物
以下を納品いたします。
- 各共通：解析報告書
- データ解析なし：シーケンスデータ（Fastq）
- データ解析あり：シーケンスデータ（Fastq）、Cell rangersデータ、Seurat R package
納品方法：ファイル転送（FTP）
