概要
『RRBS（Reduced representation of bisulfite sequencing）』では、制限酵素Msplを用いて断片化されたゲノムDNAをバイサルファイト処理後、CpGリッチ領域を濃縮し、関連するCpGアイランドに焦点を当てデータ取得することで、少ないデータ量で効率よく個々のシトシン塩基のメチル化状態を解析します。
DNAメチル化解析の意義
DNAのメチル化は対象配列のDNA結合因子との親和性を変化させるため、DNAの配列変異と同様に、遺伝子発現制御の変化を引き起こし得ます。このことから、通常の配列解析では見えない遺伝子発現の変化を明らかにする目的で実施されます。また、DNAのメチル化が様々な疾患や健康状態に相関するエピジェネティック・バイオマーカーとして機能することが報告されています。
特長
- 丁寧なビフォア・アフターサポート
15名以上のPh.D.が在籍しており、技術サポート体制に力を入れています。
- リーズナブルで高品質なシーケンス
複数の国内外シーケンスプロバイダーと提携し、低価格・高品質を実現します。
- 目的に応じたカスタムメイド解析
基本解析からオーダーメイドの高次解析・統合解析まで幅広く対応します。
- 付帯費用ナシ
データ転送費などの付帯費用は全てサービス価格に含まれています。
サービスプラン
- 生データプラン
シーケンスにより取得したfastqデータ（生データ）のみを納品するプランです。
- ベーシック解析プラン
基本解析を実施するプランです。種々の描画により、個別サンプル間のばらつきをスピーディに俯瞰頂けます。
- スタンダード解析プラン
ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。
- オーダーメイド解析プラン
ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが必要です。
＊ オーダーメイド解析プランについてはプロジェクトの混雑状況によりお受けできない場合があります。ご了承ください。
スタンダード解析例
- DMC・DMRの検出
DMC・DMRの検出では、2群間以上の解析において、有意な変動のあるDNAメチル化シトシンおよび領域を検出し、アノテーションを付与します。解析結果には、シトシン/領域リストおよびその近傍遺伝子リストが含まれます。
- DMC・DMR近傍遺伝子のGO解析
DMC・DMR近傍遺伝子のGO解析では、絞り込んだ変動メチル化シトシンまたは領域に近傍遺伝子を付与し、GO解析を行うことでDNAメチル化変動に伴う遺伝子機能の変化を予測します。
＊ 実施のためにDMC・DMRの検出が必要となります。
- エピジェネティッククロック解析
エピジェネティッククロック解析では、各サンプルにおいて該当プローブのβ値を用いてエピジェネティック年齢を計算し、処理の前後にの変化を比較したリストを作成します。
