かずさDNA研究所 / プロメガ ID: J01563

オミックスデータ解析サービス ID: J01563

サービスについて

概要

疾患を惹起するメカニズムの解析・関連する薬物の特定
オミックスデータから薬物ターゲットとなる主要制御因子を同定するサービスです。自動解析パイプラインであるGenome Enhancerを使用し、臨床試験で利用/試験中の薬物の中からの治療薬候補の選別、影響を与える可能性のある小分子の予測を行い、科学論文の形式に則ったレポートを返却いたします。

  • 遺伝子発現量の変動の上流にあるキーとなる因子とパスウェイを推定
  • キーとなる因子に対する薬剤候補の予測
  • 結果は論文形式のレポートにまとめて返却
  • バイオインフォマティクスの知識は不要

Genome Enhancerとは
Genome Enhancerは、統合型プロモーター/パスウェイ解析であるUpstream Analysisを用い、既存の研究結果に基づき潜在的な薬物ターゲットを同定します。この解析にはTRANSFAC®、TRANSPATH®、HumanPSD データベースを使用しています。

  1. TRANSFAC®:転写因子結合部位のデータベースであり、発現または変異した遺伝子を調節する転写因子の特定を行う
  2. TRANSPATH®:哺乳類のシグナル伝達と代謝経路のデータベースであり、 TRANSFAC® で特定された転写因子の一般的なマスターレギュレーターを検索する
  3. HumanPSD: 臨床試験および医薬品のデータベースを含むヒトタンパク質のデータベースであり、膨大な文献をもとに臨床試験が実施された薬物を特定する。

さらに化学情報ツールPASSを用い、特定されたターゲットに影響を与える可能性のある小分子を予測する

解析の対象となる疾患

発注時、サンプルの疾患と組織をリストから選択していただきます。リストに無い疾患は基本的に癌として解析いたします。
リストは、対象疾患/組織リストをご確認ください。

納品物

論文形式レポートのPDFファイル(デモレポートはこちらをご覧ください)

受け入れ可能なデータ

  • プロメガ社受託サービス(NGS解析、マルチオミックス解析)で取得したデータ
    ー 生データのままでご利用いただけます。

  • 他社NGS受託サービスもしくはご自身で取得されたデータ
    ー fastqファイルの場合:リードQC・フィルタリングおよびトリミング処理済みのデータをお送りください。
      これらの処理はオプションメニューでも承ります。価格は下記価格表をご参照ください。
    ー カウント値(RPKM、FPKM)、あるいは発現量比較結果の場合:そのままお送りいただけます。

ファイルフォーマット

Transcriptomics (RNA-seq, microarrays)

*.txt, *.csv, *.xls (table with gene identifiers)
*.CEL (affymetrix)
*.txt (special agilent format)
*.txt (special illumina format)
*.fastq

NGSデータにプロテオミクスデータを追加して解析することも可能です(プロテオミクスデータ単独での解析はお受けできません)。

Proteomics

*.txt, *.csv, *.xls (table with protein identifiers)

お申込みの前に

  • お預かりしたデータはドイツ国内のサーバにアップして解析を行います。
  • 解析においてパラメーターの変更はできません。
  • 納品物は論文形式レポートのPDFファイル(CD-ROM)になります。
    リンクは公的データベースへアクセスできますが、GeneXplain社のデータベースにアクセスするためには別途契約が必要となります。
  • 受託作業は研究目的とし、診断業務については受託いたしません。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

メニュー 対象生物種 使用ソフトウェア 納期   価格(税抜)
Genome Enhancer ヒト(*1) 約2週間 1比較解析(*2) ¥200,000~(*3)

*1 マウス、ラットのデータ解析をご希望の場合、ヒトのホモログに置き換えての解析となります。まずはご相談ください。
*2 1群の検体数がいくつでも料金に影響はありません。2群間の比較であれば1比較となります。
  例)疾患群10検体と対照群5検体の比較でも1比較
  解析の信頼性を高めるため、最低各群2検体以上をお勧めします。
*3 2解析目以降は ¥ 150,000~(税抜)/比較解析となります。

関連サイト