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理研ジェネシス / 理研ジェネシス ID: J01386

マイクロアレイ メチル化解析 ID: J01386

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MethylationEPIC BeadChipによりゲノムワイドに1塩基レベルでのDNAメチル化定量が可能です。

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サービスについて

概要

Illumina社Infinium Methylation BeadChipを使用したDNAメチル化解析サービスをご提供します。DNAメチル化サイトを1塩基の解像度で検出/定量することができます。

特長

  • がんやその他の疾患、環境曝露、加齢による エピジェネティックな変化を検出します。
  • 1塩基レベルでのDNAメチル化定量ができます。
  • 一部のSNP解析もできます。
  • 多様なマウス系統に対応し、28万以上のメチル化サイトを高解像度で解析します。

取扱いBeadChip概要

理研ジェネシスでは下表3種のIllumina社のBeadChipを用いてDNAメチル化解析を受託しています。
Infinium Methylation
Screening Array （MSA）		 Infinium Methylation
EPIC v2.0 BeadChip （EPIC）		 Infinium Mouse Methylation
BeadChip
こんな方におすすめ 既知の疾患・形質関連CpGを中心に設計された高精度メチル化解析ツール。
コスト効率と再現性に優れ、大規模研究に有用。疫学研究や環境曝露研究などのエピゲノムワイド関連研究（EWAS）に適しています。

  • 公衆衛生
  • 疫学研究
  • 老化研究など
 		疾患関連研究や機能ゲノミクス解析に適したDNAメチル化解析ツール。
プロモーターやエンハンサーを含む広範囲のCpGを高精度に解析可能。 網羅的なCpGカバレッジにより、探索的メチル化研究に適しています。


  • がん研究
  • 希少疾患研究など
 		多様なマウス系統にを対象に、ゲノムワイドなDNAメチル化解析を可能にするツール。
疾患モデル、遺伝子改変マウス、環境曝露研究など、幅広いエピジェネティック研究に適しています。
  • 前臨床研究
  • 遺伝子改変マウス解析
  • 疾患モデル研究など
サイト数 約27万 ・CpG：262,470
・CpH：2,776
・SNP rsID：3,848
疾患関連CpGに最適化		 約93万 ・CpG：926,849
・CpH：2,914
・SNP rsID：538
広範囲のCpGを網羅		 約28万

サービス内容

  • 生データプラン①
    idatファイルのみを納品いたします。ご自身でデータ解析を実施される場合に適したプランです。
  • 生データプラン②
    idatファイルおよびβ値（メチル化率）を算出して納品いたします。ご自身でデータ解析を実施される場合に適したプランです。
  • BI解析プラン
    idatファイル、β値（メチル化率）、指定グループ間のメチル化レベル比較スコア（Illumina DiffScore）の算出、上位/下位50か所のマーカー抽出、クラスタリング解析、ヒートマップ作成を納品いたします。
    一般的な統計解析をご希望の場合に適したプランです。
    ＊ マーカーの絞り込みについては上位・下位の選択個数調整やマーカーのご指定もできます。ご希望の場合はお問合せください。
  • 作図オプション
    BI解析プランにマンハッタンプロットの作図を追加します。

解析概要

1．検体の品質評価
　　▼
2．バイサルファイト処理
　　▼
3．修復処理（FFPE由来検体の場合）
　　▼
4．BeadChipを用いたMethlationタイピング
　　▼
5．DNAメチル化レベル定量
　　▼
6．DNAメチル化レベルのサンプル間比較
　　▼
7．クラスタリング解析とヒートマップ作成

解析結果（fig.1）

GenomeStudioソフトウェアを用いてDNAメチル化レベルの定量を実施します。DNAメチル化レベルのサンプル間（または群間）比較結果とアノテーションデータ付きテキストファイル（＊）およびクラスタリング解析結果とヒートマップを納品いたします。また、染色体上の位置とその座位に対応する任意の値（P値、DiffScoreなど）をプロットしたマンハッタンプロットやマーカーの絞り込みも、オプションとしてご提供可能です。

＊ このデータをRG独自開発のAnnotationViewerで読み込むことにより、UCSC Genome Browserなどの外部サイトと連携できます。

fig.1 解析結果

納品物

  • 解析報告書
  • データディスク: メチル化定量データ（txtファイル）、グループ間比較解析データ （txtファイル）、クラスタリング解析データ（bmp画像ファイル）

サンプル提出条件

Infinium Methylation
Screening Array（MSA）		 Infinium Methylation
EPIC v2.0 BeadChip （EPIC）		 Infinium Mouse Methylation
BeadChip
サンプル種 ゲノムDNA＊1
必要DNA量 1000ng以上＊2 1500ng以上＊2 1500ng以上＊2
必要DNA溶液量 50µL以上
溶出バッファー 1xTE
＊ 1 ヒトの場合は、血液、新鮮凍結組織、FFPE（MSAは不可）、唾液由来のゲノムDNAが受託可能です。
　　マウス由来検体の場合は別途ご相談ください。
　　その他、検体提出の詳細やDNA抽出をご希望 される場合は、別途お問合せください。

＊ 2 バイサルファイト処理前の量です。
　　バイサルファイト処理済みのサンプルも受入れ可能です。ご希望の場合は、別途ご相談ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
マイクロアレイ　メチル化解析 お問い合わせ 品質評価通過後、約6週 （試薬手配期間は除く）

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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