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Active Motif / タカラバイオ ID: J01186

ATAC-seq解析 ID: J01186

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網羅的オープンクロマチン領域解析

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サービスについて

特長

  • Transposomeによる網羅的オープンクロマチン領域解析（Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing：ATAC-seq）
  • 実験ごとの抗体バリデーションは不要
  • 経験と実績が豊富なActive Motif社による作業
  • シングルセルATAC-Seq解析（scATAC-Seq）も可能

サービス内容

組織や未固定の培養細胞をご提供いただきActive Motif社で解析を行います。Transposomeを用いてオープンクロマチン領域を特異的に濃縮したライブラリー作製を行い、シーケンスします。取得したシーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、リードの集中する箇所をエンリッチ領域として検出、アノテーション情報を付与してリスト化します。さらに、マッピングの様子はUCSCゲノムブラウザにて閲覧可能な形式で納品いたします。一般的に、1群の解析について2検体以上の解析（Duplicateでの解析）を推奨します。
個々の細胞レベルでのクロマチンアクセシビリティー領域や、活性制御領域のプロファイリングに有効なシングルセルレベルでのオープンクロマチン解析 Single-Cell ATAC-Seq（scATAC-Seq）も対応可能です。別途お問い合わせください。

納品物

  • シーケンス配列情報（fastq）
  • マッピング情報（bam）
  • ピークコール結果一式（Excel）
  • UCSC閲覧ファイル（BED、bigWigURL）
【クラウド納品について】
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。
＊ クラウド納品ご選択時の注意事項
  • シーケンスデータはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
    事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
    推奨回線速度計測サイトはこちらから
  • 回線速度が110 Mbpsの場合：500 GByteのダウンロードに10時間、50 Mbpsの場合：23時間が目安です。
  • シーケンスデータサイズの目安は以下となります。
    エクソームシーケンスやRNA-Seq
    （シーケンスデータ量 5～6 Gbase／検体）    		 約5 GByte／検体
    全ゲノムシーケンス
    （シーケンスデータ量 90 Gbase／検体）    		 約70 GByte／検体
  • 150 GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive（デスクトップ用アプリ）をインストールしてご利用ください。
  • ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品（HDD等）への変更をご案内します。
  • 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。

受入サンプル

提供物 サンプル量 処理方法
培養細胞 1×105～2×105 cells 細胞ペレットを10％DMSO存在下で緩慢凍結してください。
（凍結方法は事前にお問い合わせください。）
・固定化は必要ございません
・血球系の細胞も可能です。
・単離済みの核サンプルも受付可能です。
組織 25~50mg ヒト、動物由来の凍結組織
（解析可能な組織の種類や凍結方法についてはお問い合わせください。）

上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット
ATAC-seq / ChIP解析サービス

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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