ターゲットアンプリコン解析(DNAメタバーコーディングなど）
メタバーコーディング領域はじめ、プライマー配列をご指定いただければどんなターゲットでも対応可能です。DNA抽出からも承ります。
【解析対象領域の例】
微生物群集構造解析をはじめとしたメタバーコーディング、ゲノム編集による遺伝子改変後の遺伝型解析（ジェノタイピング）などに利用可能です。解析対象領域は問いません。
16S V4／18S V9／ITS（gITS7-ITS4）／COI（mlCOIintF-HCO2198）／MiFish（＊）(12S V5)など
＊ R Soc Open Sci. 2015 Jul 22;2(7)
【解析概要】
- ファスマック：解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマー（＊1）を無償提供いたします。ターゲット増幅用の1st PCR primer（F/R各1本）、およびサンプル識別用インデックスを含む2nd PCR primer set（F8本／R2本）をお送りします。複数ターゲットの1st PCR primerをご希望の場合には、別途プライマー合成費用（実費）をいただく場合がございます。
- お客様 : サンプル調製用プライマーを用いてPCRによるライブラリ調製を行っていただきます。
プライマーの組合せで、最大16サンプルを識別できます。
- お客様：サンプル毎に精製・濃度測定し、等量混合したサンプル（＊2）をお送りいただきます。
- ファスマック：受領サンプルのQC作業を行います。（＊3）
- ファスマック：QCをパスしたサンプルについて、MiSeqで2×250 bpランを行います。
- ファスマック：QIIME等を使用し、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」としてデータを可視化します。
＊1
・パッケージサービスでのサンプル調製は、弊社より提供するプライマーを使用してください。
・サンプル調製の際に使用したプライマーセットがファスマック社よりお送りしたものと異なりますと、他のお客様とのインデックス情報の重複等により、サンプルの再調製や解析の順番待ちが必要になります。その場合、通常より納期が遅くなる可能性がありますことをご了承ください。
＊2
・精製後のサンプルの中で一番低いサンプルの濃度に他のサンプル濃度を合わせてください。
・お送りいただく等量混合後のサンプルの濃度と液量は10ng/μL、20μL以上でお願いします。
＊3
・サンプル受領後にMiSeqでの解析の可否を判断するため、サンプルDNAの長さと量を測定する作業をQC（quality control）作業として行なっております。
QC作業の結果、サンプル調製に用いたプライマーの残存などMiSeqでの解析に問題があると判断した場合、ファスマックでサンプルの精製を行います（有償：￥5,000（税抜））。また、解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は解析を中止させていただきます。（この場合のご請求は行いません）。
【サンプル及びデータの保管期限】
ファスマックにお送りいただきましたサンプルは、お客様からの返却希望のお申し出がない場合、解析終了後3ヶ月で破棄させていただきます。返却をご希望のお客様は、ファスマックログインサイトからご注文される際に、その旨をご明記くださいますようお願い申し上げます。なお、サンプル返却はゲノムDNAのみが対象となります。
また、解析データに関しましては、保管期限を解析終了後1年間とさせていただきます。ファスマックでの保管期限後に「レアファクションカーブと主座標分析について納品後の解析」オプション等をご希望される場合、ファスマックから出荷した解析データ等をお送りいただければご対応いたします。
【オプション：生菌微生物群集構造解析】
環境中の生菌を検出するための選択的膜透過性色素(EMA)や逆転写cDNAを用いた群集構造解析です。
EMAやRNAによる手法は、DNA群集構造解析では得られない実際の環境の生菌の群集構造をアプローチする非常に重要なツールといえます。
| サービス項目 |
価格（税抜） |
納期 |
| アンプリコン解析パッケージ |
￥150,000 / 16サンプル
（￥100,000 / 8サンプル） |
15営業日（オプションなしの場合） |
【オプションサービス】
上記価格に加えて、下記オプションをご指定いただけます。
| オプションサービス項目 |
価格（税抜） |
納期 |
| DNA抽出から（＊4） |
＋￥40,000
（8サンプルまで） |
お問い合わせ |
＋￥60,000
（9～16サンプル） |
| PCRから |
＋￥20,000
（8サンプル） |
＋￥30,000
（9～16サンプル） |
| Miseq 2×300bp v3 kitへの変更 |
＋￥20,000
(400-500bp程度) |
| Library Mix調製 |
無料
（16サンプルまで） |
＋￥30,000
（16サンプルあたり） |
| レアファクションカーブと主座標分析(PCoA) |
＋￥10,000（1グループ） |
| OTUのBLAST解析 |
＋￥30,000 |
| SILVA databaseへの変更 |
無料 |
| Qiime1での解析への変更 |
無料 |
＊4 DNA抽出は、対象生物やサンプルの状況によって方法を最適化する必要がございます。より良いデータを得るための非常に重要なステップであると位置づけております。
この観点から、ファスマック社におけるDNA抽出ノウハウに乏しいサンプルについてはお断りさせていただく場合がございます。
オプションサービス項目
（生菌解析オプション） |
価格（税抜） |
納期 |
| RNAからの逆転写によるアンプリコン解析 |
RNA抽出から
＋￥35,000 / サンプル |
お問い合わせ |
逆転写PCRから
＋￥20,000 / サンプル
|
EMAによるアンプリコン解析
（EMA処理➡DNA抽出➡PCR） |
＋￥35,000 / サンプル |
オプションサービス項目
（納品後データの再解析（＊5）） |
価格（税抜） |
納期 |
| QIIME使用 |
￥1,000/サンプル |
お問い合わせ |
| レアファクションカーブと主座標分析（PCoA) |
￥30,000/グループ |
＊5 一度納品したデータについて、サンプルをご指定いただき、QIIME等での系統解析、およびレアファクションカーブと主座標分析（PCoA）を行うサービスです。複数のご注文からサンプルをご指定いただくことが可能です。
